Na začátku hry kontaktuje Laru jistá Jacqueline Natla. Ta chce, aby pro ni Lara našla artefakt známý jako Scion, který by se měl ukrývat v hrobce Qualopeca v horách v Peru. A tak se Lara s místním průvodcem vydává ztracenou hrobku najít.
Celé Peru prozkoumáte ve 4 levelech: Caves, City of Vilcabamba, Lost Valley a Tomb of Qualopec. Pojďme se na ně podívat blíže.
Caves
První level v Peru, a jak už název napovídá, podíváme se do jeskyní. K nim dovede Laru její průvodce, který ale hned v úvodním videu pozná svůj konec. A tak se naše neohrožená vykradačka hrobek pouští do prozkoumávání temných zákoutí za obřími kamennými dveřmi sama. Krom netopýrů, vlků a jednoho medvěda tu na ni čeká několik pastí, hádanek, a dokonce i první časovka.
Počet secretů: 3
City of Vilcabamba
V útrobách jeskyní narazí Lara na skryté město dávné civilizace Inků. Aby objevila cestu dál, musí prozkoumat jejich obydlí, najít klíče a odemknout si tak cestu do další lokace. Ve městě čekají na Laru nové zákeřné pasti, ovšem typ nepřátel zůstává stejný jako v předchozí lokaci.
Počet secretů: 3
Lost Valley
Hlouběji v jeskyních objeví Lara džungli. Trochu nečekané v zasněžených horách, ale Laru nic nerozhodí. I když... možná ji rozhodí zdejší fauna, protože poté, co zlikviduje pár velociraptorů, se za rohem objeví obří T-Rex, který si rozhodně nechce nechat ujít (nebo utéct) pochoutku v podobě lidského masa.
Lara zde musí posbírat ozubená kola, aby zprovoznila dávný mechanismus, kterým si odemkne cestu do finální lokace Peru - hrobky Qualopeca.
Počet secretů: 5
Tomb of Qualopec
Jak už to u hrobek bývá, i tato je plná smrtelných pastí. Lara se však nevzdává a prodírá se skrz pasti a nepřátele až ke svému cíli - pohřební komnatě Qualopeca. A tam na ní čeká Scion - nebo spíš jeho část, jak se později dozví od Larsona. Každopádně je čas na útěk, protože po sebrání artefaktu se celá hrobka začíná hroutit.
Počet secretů: 3